Сепанг произвел сильное впечатление сразу при попадании в календарь Ф1 в 1999. Пилотам нравилось широкое открытое пространство и изогнутые повороты, хотя инфраструктура была на нуле. Гонка '99 выявила одно из самых больших противоречий в современной истории Ф1, когда первое и второе места Феррари Эдди Ирвина и Михаэля Шумахера были аннулированы за использование неразрешенных боковых дефлекторов, но позже восстановлены. В следующих двух гонках также доминировали Феррари. В 2000 Шумахер праздновал победу, уже завоевав чемпионство двумя неделями ранее в Японии, а годом позже он и Рубенс Барикелло показали невероятный отыгрыш позиций после потери около минуты при замене шин на дождевые. Ральф Шумахер положил конец доминированию Феррари в 2002, легко выиграв после столкновения брата Михаэля и партнера по команде Хуана Пабло Монтойи в первом повороте. Оба отыграли достаточно позиций, чтобы взойти на подиум, но колумбиец получил свой первый штраф проезда по боксам в Ф1 за возникшие проблемы. В 2003 триумфаторами стали МакЛарен, когда Кими Райкконен выиграл свою первую гонку.