Sepang causou uma boa impressão quando se juntou ao calendário da Formula 1 em 1999. Os pilotos adoraram os grandes espaços abertos e as curvas amplas e as incomparáveis infraestruturas. A corrida de 1999 foi marcada por uma das maiores controvérsias da história recente da F1 quando os Ferraris de Eddie Irvine e Michael Schumacher foram desqualificados dos 1º e 2º lugares por correrem com entradas de ar ilegais - tendo sido posteriormente requalificados. As 2 corridas seguintes foram igualmente dominadas pela Ferrari. Em 2000, Schumacher festejou o campeonato, 2 semanas depois de já o ter ganho matematicamente no Japão, e um ano depois ele e Rubens Barrichello encenaram uma recuperação incrível após terem perdido quase 1 minuto a mudar para pneus de chuva. Ralf Schumacher interrompeu o ciclo de vitórias da Ferrari em 2002, ganhando confortavelmente após o irmão e o colega de equipa Juan Pablo Montoya colidirem na primeira curva. Ambos recuperaram o suficiente para acabarem no pódio, mas o colombiano recebeu a 1ª penalização de sempre na F1 com uma passagem pela via das boxes por ter causado o incidente. A McLaren fez as honras da casa ao vencer em 2003 com a primeira vitória da carreira de Kimi Raikkonen.